Les indemnités des indépendants pendant un arrêt de travail

Publié le 07 mars 2025, mis à jour le 12 septembre 2025 par Anaëlle Le Floc'h - Rédactrice Web

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Un travailleur indépendant peut percevoir des indemnités journalières en cas d’arrêt de travail sous certaines conditions. Celles-ci sont versées par l’Assurance maladie après un délai de carence. Toutefois, ces indemnités restent souvent insuffisantes pour compenser la perte de revenus. D’où l’intérêt de souscrire un contrat de prévoyance ainsi qu’une mutuelle travailleurs indépendants pour couvrir le manque à gagner et les frais de santé liés à la maladie ou à l’accident du travail.

La particularité de l’arrêt de travail des indépendants

La majorité des salariés en France sont obligatoirement affiliés au régime général de la Sécurité sociale. À ce titre, ils peuvent percevoir des indemnités journalières (IJ) en cas d’arrêt de travail. Ces indemnités sont versées par la caisse primaire d’assurance maladie (CPAM). Elles servent à compenser la perte de salaire.

Pour les salariés, un arrêt de travail peut être prescrit par un médecin dans trois cas :

• une incapacité temporaire de travail liée à une maladie ;
• un accident survenu au cours de l’activité professionnelle ;
• une maladie due à l’exercice de l’activité professionnelle.

Pour les travailleurs indépendants, les règles sont différentes. Ils dépendent de la Sécurité sociale des indépendants (SSI). Ce régime concerne les professionnels suivants : micro-entrepreneurs, professions libérales, entrepreneurs individuels, gérants majoritaires de SARL, gérants et associés de SNC et EURL.

Les indépendants affiliés à la SSI peuvent bénéficier d’indemnités journalières si leur état de santé les empêche temporairement de poursuivre leur activité professionnelle. En revanche, ils n’ont pas droit à une indemnisation spécifique s’ils sont victimes d’un accident du travail (AT) ou d’une maladie professionnelle (MP).

Un accident du travail est indemnisé dans les mêmes conditions qu’une maladie classique. L’indemnisation d’une maladie professionnelle obéit aux mêmes règles. Pour bénéficier d’une protection comparable à celle des salariés, les indépendants doivent souscrire une assurance volontaire AT/MP.

Les conditions pour percevoir des indemnités en cas d’arrêt de travail

Les travailleurs non salariés (TNS) désignent aussi bien les artisans que les commerçants, les chefs d’entreprise et les micro-entrepreneurs. Ils ont droit à des indemnités journalières sous certaines conditions :

• justifier au moins 12 mois d’affiliation au régime social des travailleurs indépendants ;
• être dans l’incapacité temporaire de poursuivre son activité professionnelle à cause d’une maladie ;
• consulter un médecin pour obtenir un arrêt de travail qui constate cette incapacité médicale ;
• cesser toute activité professionnelle pendant la durée de l’arrêt de travail.

L’envoi de l’arrêt de travail à la CPAM

Vous êtes malade et votre médecin vous a prescrit un arrêt de travail. Deux situations peuvent se présenter pour envoyer ce document à la CPAM :

• Votre médecin vous a remis une seule feuille : cela signifie qu’il a télétransmis les volets 1 et 2 à votre CPAM. Il vous remet le volet 3 à conserver précieusement.
• Votre médecin vous a remis trois feuilles : vous avez 48 heures pour compléter et envoyer les volets 1 et 2 à votre CPAM et ainsi déclencher le versement des IJ.

Si l’arrêt de travail est dématérialisé, le versement des indemnités journalières est automatique. Si l’arrêt de travail n’a pas été télétransmis, vous devez l’envoyer à votre CPAM. Si vous ne respectez pas le délai de 48 heures, vous recevrez un premier rappel. Vous pourrez être sanctionné à compter du deuxième retard. Si vous ne l’envoyez pas avant la fin de la période d’arrêt, aucune indemnisation n’est envisageable.

Le montant des indemnités journalières des travailleurs indépendants

Le montant de l’indemnité journalière du travailleur indépendant équivaut à 1/730e de son revenu d’activité annuel moyen (RAAM). Ce revenu est une moyenne des revenus cotisés au cours des 3 dernières années précédant l’arrêt de travail. Les revenus d’activité professionnelle pris en compte ne peuvent excéder le plafond annuel de la Sécurité sociale (PASS).

Au 1er janvier 2025, ce plafond se décline comme suit :

• 47 100 euros par an ;
• 11 775 euros par trimestre ;
• 3 925 euros par mois ;
• 906 euros par semaine ;
• 216 euros par jour ;
• 29 euros par heure.

Le PASS est révisé chaque année pour suivre l’évolution des prix. En 2025, il a augmenté de 1,6 % par rapport à 2024. Il est identique pour tous les travailleurs indépendants (profession libérale, micro-entrepreneur, artisan, commerçant, chef d’entreprise).

Les travailleurs indépendants dont les revenus sont trop faibles ne peuvent prétendre à des indemnités journalières. Il s’agit des TNS dont le RAAM est inférieur à 10 % de la moyenne des plafonds de la Sécurité sociale en vigueur au cours des 3 dernières années. Concrètement, un travailleur indépendant ne peut pas bénéficier d’indemnités si son revenu d’activité annuel moyen des trois dernières années est inférieur à 4 710 euros.

Une nouvelle règle est entrée en vigueur le 1er janvier 2022 pour compenser cette absence de protection sociale. Depuis cette date, tout travailleur indépendant peut percevoir des indemnités journalières au titre de son ancienne activité. Peu importe le régime auquel était affilié l’indépendant. Pour bénéficier de ce dispositif, vous devez faire une demande d’étude de vos droits sur le site demarches.numerique.gouv.fr.

Le versement des indemnités journalières maladie par la CPAM

Les indemnités journalières sont versées par votre caisse primaire d’assurance maladie après un délai de carence de 3 jours. Pendant cette période, vous ne percevez aucune indemnité. Les indemnités maladie sont versées à compter du 4e jour d’arrêt.

Ce délai de carence s’applique aussi bien aux indépendants qu’aux salariés. En pratique, les salariés bénéficient souvent d’une meilleure indemnisation. De nombreuses conventions collectives prévoient un maintien de salaire dès le 1er jour d’arrêt.

À l’issue du délai de carence, les indemnités sont versées tous les 14 jours en moyenne. Pour suivre votre indemnisation, connectez-vous à votre compte Ameli et accédez à l’onglet « mes paiements ». Vous pourrez consulter le montant versé, la date de paiement ainsi que la période concernée par l’indemnité. Si vous constatez un écart, n’hésitez pas à contacter votre CPAM via la messagerie en ligne.

Exceptionnellement, aucun délai de carence ne s’applique si vous entrez dans l’un des cas suivants :

• votre arrêt de travail est prolongé après une reprise d’activité de 48 heures maximum entre la fin de l’arrêt initial et le début de la prolongation ;
• si vous souffrez d’une affection longue durée, le délai de carence ne s’applique qu’au premier arrêt de travail sur une période de 3 ans ;
• votre arrêt de travail fait suite à une interruption spontanée de grossesse.

Les obligations des TNS pendant l’arrêt de travail

Les indemnités journalières sont versées par votre caisse primaire d’assurance maladie si vous respectez vos horaires de sortie. Celles-ci sont décidées par le médecin et doivent être clairement indiquées sur votre arrêt de travail.

Trois situations sont envisageables selon votre état de santé :

• vous n’êtes pas autorisé à quitter votre domicile, car votre état de santé ne vous le permet pas ;
• vous devez être chez vous de 9 h à 11 h et de 14 h à 16 h, sauf pour des soins ou des examens ;
• vous êtes autorisé à sortir librement, sans restriction de durée.

Votre caisse primaire d’assurance maladie peut effectuer des contrôles pour vérifier que vous respectez vos obligations. Ainsi, vos indemnités peuvent être réduites si :

• vous refusez un contrôle de la CPAM ;
• vous n’allez pas à une convocation de la CPAM ;
• votre arrêt de travail n’est pas ou plus justifié ;
• vous exercez une activité non autorisée par le médecin ;
• vous partez à l’étranger sans autorisation préalable ;
• vous ne respectez pas vos horaires de sortie.

La fiscalité des indemnités journalières des travailleurs indépendants

Les indemnités journalières de la Sécurité sociale sont considérées comme des revenus de remplacement. À ce titre, elles sont soumises à l’impôt sur le revenu qui est prélevé à la source. Cela signifie que l’indemnité journalière perçue est déjà diminuée de l’impôt.

Les indemnités journalières du travailleur indépendant sont également soumises aux prélèvements sociaux. Elles sont taxées à 0,5 % au titre de la contribution au remboursement de la dette sociale (CRDS) et à 6,2 % au titre de la contribution sociale généralisée (CSG).

La reprise de l’activité à la fin de l’arrêt de travail

En tant qu’indépendant, vous devez reprendre votre activité professionnelle à la date indiquée sur l’arrêt de travail. Aucune démarche n’est nécessaire pour reprendre à cette date. En revanche, une reprise anticipée nécessite de prévenir l’Assurance maladie dans un délai de 24 heures. Cette notification peut être effectuée via la messagerie sécurisée de votre compte Ameli.

Si votre état de santé ne vous permet pas de reprendre votre activité professionnelle, une prolongation de l’arrêt de travail est envisageable. Il faut remplir les conditions suivantes pour continuer à bénéficier des indemnités journalières :

• la prolongation doit avoir lieu avant la fin de l’arrêt initial ;
• la prolongation doit être transmise sous 48 heures à la CPAM ;
• la prolongation doit être prescrite par votre médecin traitant ou le médecin qui a prescrit l’arrêt initial.

À titre exceptionnel, l’arrêt de travail du travailleur indépendant peut être prolongé par un autre professionnel de santé :

• le remplaçant du médecin qui a prescrit l’arrêt initial ;
• le remplaçant de votre médecin traitant ;
• un médecin spécialiste consulté après avis du médecin traitant ;
• une sage-femme ;
• le médecin qui vous suit durant une hospitalisation.

Vous pouvez également continuer à percevoir des indemnités journalières dans le cadre d’un mi-temps thérapeutique. Ce dispositif vous permet de reprendre progressivement votre activité professionnelle. Pour en bénéficier, vous devez remplir les conditions suivantes :

• le temps partiel doit être prescrit par votre médecin traitant ;
• le temps partiel doit être précédé par un arrêt de travail à temps complet (sauf ALD).

L’accompagnement des travailleurs indépendants en arrêt de travail

Les dispositifs mentionnés ci-dessous ont été mis en place pour accompagner les indépendants pendant leur période d’arrêt.

Le dispositif Help

Ce dispositif s’adresse aux artisans, commerçants, auto-entrepreneurs et professions libérales qui rencontrent des difficultés personnelles ou professionnelles. Il associe plusieurs services qui viennent en aide aux travailleurs indépendants : l’Urssaf, les Allocations familiales, l’Assurance retraite et l’Assurance maladie.

Dans le cadre d’un arrêt maladie, ce dispositif vous permet :

• d’être accompagné dans les démarches administratives ;
• d’assurer la continuité de vos revenus ;
• de trouver des solutions pour aménager vos cotisations sociales ;
• d’anticiper votre reprise d’activité ;
• d’être orienté vers les bons interlocuteurs.

Pour en bénéficier, il faut remplir un questionnaire accessible sur la page de l’Urssaf dédiée à l’aide coordonnée de la Sécurité sociale. Une fois que vous avez renseigné les informations requises, il suffit de cliquer sur « envoyer ». Votre demande sera ensuite transmise au service compétent. Un conseiller dédié vous accompagnera pour répondre à vos problématiques.

Le service social de l’Assurance maladie

Le service social de l’Assurance maladie accompagne les personnes qui rencontrent des difficultés liées à leur état de santé. Vous pouvez notamment y recourir si la reprise de votre activité s’avère compliquée après un arrêt maladie. Tout au long de l’accompagnement, vous bénéficierez de rendez-vous individuels avec un assistant dédié. En tant qu’indépendant, vous pourrez également prendre part à des groupes d’échanges.

Il existe trois possibilités pour prendre contact avec le service social de l’Assurance maladie :

• appeler le 3646 ;
• se rendre en agence ;
• via votre compte Ameli.

Le parcours prévention de la désinsertion professionnelle

Les TNS peuvent également bénéficier du parcours « prévention de la désinsertion professionnelle » (PDP). Il s’adresse aux artisans et aux commerçants en arrêt de travail qui présentent un risque de désinsertion professionnelle. Le but de ce dispositif étant d’accompagner ces professionnels pour les aider à reprendre leur activité dans les meilleures conditions.

Le parcours PDP est proposé par le service social de l’Assurance maladie. L’indépendant qui en fait la démarche sera accompagné par un assistant social. Ce dernier lui proposera toute une série d’actions à mettre en place durant l’arrêt de travail et le dirigera vers les dispositifs adaptés à sa situation (bilan de compétences, consultation médico-professionnelle, etc.).

Plusieurs moyens sont envisageables pour bénéficier de ce dispositif. Vous pouvez en faire la demande via votre compte Ameli en vous laissant guider par le chatbot. Vous pouvez également contacter le service social de l’Assurance maladie en appelant le 36 46. À noter que cet accompagnement repose sur la base du volontariat. C’est à l’indépendant d’en faire la démarche.

Les cas particuliers des TNS en arrêt maladie

Les dispositions susvisées s’appliquent à la plupart des TNS en arrêt de travail. Toutefois, certaines situations impliquent quelques adaptations.

Les indemnités journalières au chômage

En tant qu’indépendant, vous pouvez percevoir des indemnités journalières en cas d’arrêt maladie durant votre chômage. Elles sont versées par l’Assurance maladie après un délai de carence de 3 jours pour compenser la perte des allocations chômage.

Les IJ maladie sont réservées aux bénéficiaires de l’allocation des travailleurs indépendants (ATI). Les indépendants qui ont perçu l’ATI au cours des 12 derniers mois ou qui ont cessé leur activité depuis moins d’un an peuvent également en profiter.

Vous recevrez 1/730e de votre revenu d’activité annuel moyen. Celui-ci est calculé sur la moyenne de vos revenus cotisés au cours des trois dernières années travaillées. Les revenus pris en compte ne peuvent excéder le plafond annuel de la Sécurité sociale.

Arrêt de travail prescrit en téléconsultation

Votre arrêt maladie a été prescrit par téléconsultation ? Dans ce cas, il ne peut excéder une durée de 3 jours. Au-delà, il ne sera pas indemnisé sauf s’il a été prescrit par votre médecin traitant ou votre sage-femme référente. Si l’arrêt maladie a été prolongé par téléconsultation, il ne peut être indemnisé que si vous étiez dans l’impossibilité de consulter un professionnel de santé en personne.

Le cumul emploi-retraite

Les personnes en situation de cumul emploi-retraite perçoivent une pension de retraite tout en exerçant une activité professionnelle. Si vous êtes concerné, sachez que vous pouvez prétendre à des IJ maladie. La durée de versement est limitée à 60 jours pour toute la période de la retraite.

Un entrepreneur en situation de retraite progressive peut également percevoir des IJ maladie. Ce dispositif vous permet de réduire votre activité tout en percevant une partie de vos retraites (de base et complémentaire). Pendant cette période, vous continuez d’acquérir des droits à la retraite.

Le congé maternité d’une travailleuse indépendante

Les travailleuses indépendantes peuvent percevoir des indemnités journalières pendant leur congé maternité à condition de :

• à la date prévue de l’accouchement, justifier 6 mois d’affiliation au régime social des travailleurs indépendants ;
• cesser toute activité pendant l’indemnisation et ce pendant 8 semaines minimum (dont 6 après l’accouchement).

Si vous respectez les conditions susvisées, alors vous pouvez également percevoir l’allocation forfaitaire de repos maternel. Son montant est égal à la valeur mensuelle du PASS. Cette allocation s’élève donc à 3 925 euros pour l’année 2025.

L’assurance volontaire AT/MP du travailleur indépendant

Contrairement à un salarié, un travailleur indépendant n’est pas assuré de façon obligatoire en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle. Dans ces deux cas, il est indemnisé dans les mêmes conditions qu’un arrêt maladie. Pour améliorer sa protection, il peut toutefois souscrire une assurance volontaire contre ces deux risques.

Une telle assurance vous couvre en cas d’accident du travail, d’accident de trajet et de maladie professionnelle. Plusieurs prestations sont proposées :

• remboursement des frais de santé à 100 % des tarifs conventionnels (150 % pour les prothèses dentaires et certains appareillages) ;
• versement d’une indemnité en capital (taux d’IPP inférieur à 10 %) ou d’une rente (taux d’IPP supérieur ou égal à 10 %) ;
• en cas de décès, remboursement des frais funéraires et versement d’une rente aux ayants droit.

Pour bénéficier de cette assurance, vous devez en faire la demande auprès de votre caisse d’assurance maladie. La cotisation est calculée sur la base du revenu annuel déclaré lors de la demande d’admission. Ce revenu est encadré par un seuil minimum (21 327,85 euros en 2025) et maximum (47 100 euros en 2025).

Améliorer sa protection avec un contrat de prévoyance

Bien souvent, les indemnités versées au titre du régime général ne suffisent pas à couvrir la perte de revenus des indépendants. C’est la raison pour laquelle de nombreux entrepreneurs souscrivent une prévoyance pour renforcer leur protection. Un tel contrat permet de percevoir des indemnités complémentaires qui s’ajoutent à celles versées par l’Assurance maladie.

Le montant de ces indemnités complémentaires dépend du niveau de garantie souscrit. Pour profiter d’une protection sur mesure, il est recommandé de faire appel à un courtier. Ce dernier sélectionnera les garanties les plus adaptées à votre profil et vous aidera à déchiffrer chaque clause du contrat (durée d’indemnisation, exclusions de garantie, délai de carence, etc.).

En tant qu’entrepreneur, vous devez choisir des garanties prévoyance adaptées à vos besoins. Puisqu’il complète vos indemnités maladie, un tel contrat est un excellent moyen de se prémunir contre les conséquences financières d’un arrêt de travail. Cette assurance vous permet non seulement de maintenir votre train de vie, mais aussi de protéger vos proches en cas de décès.

Souscrire un contrat de prévoyance n’est pas suffisant. En effet, un entrepreneur a tout intérêt à être bien couvert par sa mutuelle santé. Seule une complémentaire santé prendra en charge vos frais médicaux liés à votre maladie ou votre accident. Souscrire une bonne mutuelle est essentiel pour bénéficier d’une couverture optimale et éviter une charge financière supplémentaire.

Ymanci Mutuelle Santé accompagne les indépendants qui cherchent un contrat adapté à leur profil. Nos conseillers ont accès à plus de 700 formules pour vous aider à trouver la meilleure complémentaire santé. Pour profiter de notre expertise, il suffit de remplir notre formulaire de contact. Un conseiller dédié vous rappellera dans les plus brefs délais pour faire le point sur vos besoins.

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